Bioinformatica en lekke bacteriën
Voor een goede oogst is het belangrijk om gewassen gezond te houden. Chemische middelen zijn daarbij vaak effectief. Ze beschermen planten relatief gemakkelijk en goedkoop tegen ziekten en plagen. Helaas kunnen deze middelen ook schadelijk zijn voor mens en milieu. Vandaar dat er veel onderzoek wordt gedaan naar alternatieve bestrijdingsmethoden.
Antimicrobieel peptide (AMP)
Een mogelijk alternatief is de inzet van antimicrobiële peptiden tegen ziekteverwekkers bij planten. Antimicrobiële peptiden zijn korte aminozuurstrengen (in feite kleine eiwitmoleculen) die zich hechten aan de celmembraan van een schadelijke bacterie of schimmel en op die manier lekkage van de membraan veroorzaken. De ziekteverwekker overleeft dat niet.
Data analyse
Van nature leven op of rond de plant meerdere bacteriesoorten die dit soort peptiden produceren, vooral bedoeld om concurrenten uit te schakelen. De onderzoekers proberen m.b.v. data analyse en bioinformatica een bacterie te vinden die ‘het beste peptide’ produceert. En met ‘het beste’ bedoelen ze dus een peptide dat speciaal geschikt is om micro-organismen die planten ziek maken, uit te schakelen.
In de geneeskunde wordt deze techniek met antimicrobiële peptiden al soms ingezet, bijvoorbeeld bij een infectie met een antibiotica-resistente bacterie. Peptiden werken dan nog wel. De ontwikkeling van peptiden tegen plantenziekten is nu ook in gang gezet. Het zal naar verwachting enkele jaren duren voordat er een product ligt dat in de praktijk getest kan worden.
